EF-domstolen avsa to dommer 23. september 2009 hvor de annulerer Kommisjonens beslutninger om å redusere antall CO2-kvoter for Polen og Estland. Kvotene ble redusert med hhv 26 % og 47 % i forhold til hva landene selv hadde foreslått. Ifølge et notat fra Folketingets EU-konsulent slår domstolen fast at kvoter er medlemsstatenes kompetanse og at Kommisjonen bare kan avvise nasjonalt fastsatte kvoter dersom kriteriene i direktivet er brutt. Kommisjonen kan heller ikke erstatte beregninger som de nasjonale tildelingsplanene er basert på med beregninger basert på Kommisjonens egen metode.
Kommisjonen skal foreta en ny vurdering av Polen og Estlands nasjonale tildelingsplaner. Dommen kan på sikt påvirke antall kvoter og dermed markedsprisen for disse. Stig Schjølset i Point Carbon uttaler til ABC-nyheter at "...potensielt kan det få enorme konsekvenser, men jeg tror ikke virkningene blir så store".
