Økt bruk av førstebehandlingsavtaler mellom Rådet og Europaparlamentet har betydning for de nasjonale parlamentene. Folketingets representant i EU anbefaler at de nasjonale parlamentene stiller spørsmål om et tettere samarbeid med Europaparlamentet på dette området. Han mener dette er riktig tidspunkt, siden det foregår en evaluering av regelverket i Europaparlamentet, og det er ønske om rette opp svakheter.
70 prosent av forslagene som avgjøres gjennom medbestemmelsesprosedyren blir vedtatt på bakgrunn av avtaler mellom Rådet og Europaparamentet før første behandling i Parlamentet. Begrunnelsen er å få en raskere og mer effektiv saksbehandling, spesielt for saker av mer teknisk karakter. Problemet er bl.a. mindre åpenhet og politisk debatt, og økt makt til saksordførere og andre som er med på forhandlingene.
Nasjonale parlamenter har gjentatte ganger anmodet Europaparlamentet om å bli bedre informert om inngåelse av førstebehandlingsavtaler. Parlamentet har svart at dette er informasjon de bør få gjennom Rådet (egen regjering).
